
Первоначально, Скалли присоединяется к Малдеру в The X-Files, чтобы опровергнуть его необычные теории, используя свой медицинский опыт и логическое мышление, чтобы бросить ему вызов. Однако, по мере того, как они расследуют все более странные дела, она начинает сомневаться в своих собственных убеждениях. Во время первого сезона одна конкретная серия меняет динамику шоу, заставляя Скалли пересмотреть свою зависимость от логики и даже рассмотреть возможность жизни после смерти. Ее встреча с Лютером Боггсом заставляет ее признать, что ее скептицизма недостаточно, чтобы защитить ее от тревожных реалий.